自身免疫因素也是男科发病的一个重要原因，大多数男科患者存在免疫力低下的症状，而且血清中有抗黑色素细胞抗体的存在，因此不少都认为男科是一种自身免疫性疾病。

    男科跟自身免疫因素有关，其首要表现就是血清中抗体的存在。人体的自身免疫应答系统是非常复杂的，很多跟免疫问答有关的问题现象仍然无法解答。研究发现，某些致病因子对男科患者产生影响后，会导致其血清中出现抗体，这些抗体供给患者体内的黑色素细胞，使之继续转变为抗体，如此下去，恶性循环。在这个过程中，男科患者自身免疫系统紊乱起着非常重要的作用。

    除此之外，男科患者经常伴发其他自身免疫性疾病，这也表明了自身免疫因素对男科的影响。比如甲状腺炎、甲状腺功能亢进或减退、糖尿病、慢性肾上腺功能不全、恶性贫血、风湿性关节炎、恶性黑素瘤、局灶性肠炎、红斑狼疮、硬皮病、支气管哮喘、异位性皮炎、斑秃等，也有很多患者认为男科是一种自身免疫性疾病，而且自身免疫性病人中男科发生率较一般人群高10-15倍。此外，男科患者的同形反应率高。目前倾向认为同形反应属于一种自体免疫现象。